Au cours de la dernière décennie, les faits montrent de plus en plus l’existence d’un lien entre les systèmes fonciers autochtones et les résultats positifs en matière de préservation de l’environnement. Ces résultats sont parfois meilleurs que ceux obtenus dans les zones protégées qui sont gérées par les États. Sur les territoires autochtones, la capacité à lutter contre la déforestation au Brésil est bien connue. En Namibie, la gestion des ressources fauniques par les communautés locales s’est traduite par un développement significatif de la population faunique, particulièrement dans les zones où le braconnage a été intense. En Australie et aux États-Unis, les peuples autochtones gèrent ou cogèrent efficacement les zones protégées, via des partenariats dynamiques et durables qui cherchent à rectifier les anciennes politiques d’exclusion. Aux Philippines, le Pacte national relatif aux droits des peuples autochtones contient une disposition stipulant que les zones protégées recoupant des terres ancestrales resteront des zones protégées mais que la préservation et la protection de ces zones sont en premier lieu sous la responsabilité des communautés autochtones.
Du point de vue des peuples autochtones, la création de zones protégées a été perçue comme relevant du colonialisme car elle s’est traduite par une mise sous tutelle et la perte de terres, d’autonomie et d’auto-gouvernance, de moyens de subsistance ainsi que la rupture des liens culturels et spirituels. Les zones protégées contrôlées par les pouvoirs publics ont imposé de nouvelles lois et formes de contrôle par les institutions gouvernementales. En ce sens, les zones protégées ont été perçues comme un outil servant à l'assimilation forcée des peuples autochtones. Un grand nombre des violations flagrantes des droits humains contre les peuples autochtones ayant été commises au nom de la préservation de l’environnement ont eu lieu avant les années 1980, comme les déplacements forcés suivant la création de réserves naturelles en Afrique.
Du point de vue de la préservation de l’environnement, le fait de déposséder les peuples autochtones de leurs terres pour les placer sous le contrôle des autorités publiques a fait que ces zones ont été exposées aux appropriations destructrices, aux industries extractives, à l’exploitation forestière illégale, à l’expansion de l’agro-industrie et au développement de grandes infrastructures. Même lorsque les politiques et les lois nationales requièrent la stricte protection des zones protégées, dans de nombreux pays, les agences étatiques ont quand même autorisé l’exploitation minière, pétrolière et gazière ainsi que l’exploitation forestière, les barrages et les réservoirs, les autoroutes et d’autres projets qui sont directement en contradiction avec les objectifs de préservation de l’environnement.
Les peuples autochtones, après avoir été forcés de quitter les zones protégées, se sont retrouvés confrontés entre autres à la marginalisation, à la pauvreté, à la perte de moyens de subsistance, à l’insécurité alimentaire, aux exécutions extrajudiciaires, à la perturbation du lien avec des lieux spirituels, et au déni d’accès à la justice et aux réparations. Ces violations sont nombreuses à persister dans les pays où les zones protégées furent déclarées avant l’émergence d’une préservation de l’environnement fondée sur les droits ainsi que dans les États où les réformes juridiques en faveur des droits des peuples autochtones demeurent insuffisantes.
Les trois Rapporteurs spéciaux sur les droits des peuples autochtones ont, depuis la création du mandat, suivi avec une attention particulière les violations des droits humains des peuples autochtones liées aux mesures visant à préserver l’environnement. La mobilisation des mouvements des peuples autochtones a fait progresser le droit international en reconnaissant leurs droits collectifs sur leurs terres traditionnelles. Les défenseurs de l’environnement ont également de plus en plus conscience de l’importance du rôle joué par les peuples autochtones dans la préservation de la biodiversité. Si des mesures visant à préserver l’environnement tout en respectant les droits humains des peuples autochtones sont adoptées, leur mise en œuvre est largement insuffisante. De plus, la préservation de l’environnement fondée sur les droits humains se retrouve confrontée à de nouvelles formes de menaces.
Les terres traditionnelles des peuples autochtones et les zones qui conservent les plus hauts niveaux de biodiversité se recoupent de manière significative. Les territoires autochtones traditionnels couvrent environ 22 % de la surface terrestre détenant 80 % de la biodiversité de la planète. Dans le monde, on estime que 50 % des zones protégées ont été établies sur des terres traditionnellement occupées et utilisées par les peuples autochtones. Ce pourcentage pourrait dépasser 90 % en Amérique Centrale, le continent américain étant la région où ce phénomène est le plus marqué. La Bolivie, le Brésil, le Chili et la Colombie, ainsi que le Canada et les États-Unis, ont tous un pourcentage élevé de zones protégées établies sur les terres ancestrales des peuples autochtones. Le recoupement est également significatif en Australie et en Nouvelle-Zélande. La plupart des zones protégées en Inde, au Népal et aux Philippines incluent les territoires des peuples autochtones.
De plus, la difficulté à obtenir la reconnaissance juridique de la propriété collective de leurs terres ancestrales, en particulier lorsque ces dernières ont déjà été déclarées territoires protégés, est un l’un des principaux défis auxquels les peuples autochtones continuent à faire face dans le monde. Le droit national est souvent contradictoire. Les lois sur la préservation de l’environnement et la sylviculture ne sont généralement pas harmonisées avec le droit national et international affirmant les droits des peuples autochtones et les autorités chargées de faire respecter les différentes lois ne coordonnent généralement pas leurs efforts.
La Déclaration des Nations unies sur les droits des peuples autochtones fait spécifiquement référence à la préservation de l’environnement dans l’article 29 qui stipule que les peuples autochtones ont le droit à la préservation et à la protection de l’environnement et à la capacité productive de leurs terres ou territoires et ressources et que les États, à cette fin, doivent concevoir et mettre en œuvre des programmes d’assistance pour les peuples autochtones, en évitant toute forme de discrimination.
Les zones protégées des pays n’ayant pas mené à bien de réforme juridique connaissent le taux le plus élevé et le plus permanent de violations des droits humains contre les peuples autochtones. De plus, les efforts de préservation de l’environnement, dans les pays où les peuples autochtones sont toujours marginalisés, ont eu les résultats les plus éphémères et les moins concluants, ce qui amène à se pencher sur les politiques internationales de préservation de l’environnement. Bien que l’approche fondée sur les droits humains soit progressivement adoptée dans le domaine de la protection de l’environnement, les difficultés de mise en œuvre sont importantes.
Au niveau mondial, la politique en matière de zones protégées est façonnée par l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN). Au Congrès qui s’est tenu à Durban en 2003, les plus grands spécialistes mondiaux de l’environnement ont annoncé un « nouveau paradigme » pour les zones protégées qui respecterait les droits des peuples autochtones et des communautés locales. Cependant, la mise en œuvre de ce nouveau paradigme prend du retard et les nouvelles politiques ont été lentes à se concrétiser.
La non reconnaissance des peuples autochtones, sur fond de contextes politiques et juridiques défavorables, est une des difficultés de mise en œuvre à l’échelle nationale signalées par les organisations de préservation de l’environnement. Alors que les droits des peuples autochtones sur leurs terres, territoires et ressources naturelles doivent encore être reconnus par de nombreux pays, les organisations de préservation de l’environnement peuvent, à cet égard, jouer un rôle essentiel dans le soutien aux peuples autochtones et encourager le dialogue avec les autorités.
Si le taux élevé de biodiversité dans les terres ancestrales autochtones est un fait bien établi, la contribution des peuples autochtones à la préservation de l’environnement n’est pas encore pleinement reconnue. Bien qu’un nouveau paradigme fondé sur les droits à la préservation de l’environnement ait progressé au cours des dernières décennies, son application n’en est encore qu’à ses débuts. Les mesures de préservation de l’environnement fondées sur les droits continuent d’être entravées par les conséquences des violations qui ont été commises et par l’insuffisante reconnaissance juridique par les États des droits des peuples autochtones.